生物信息学培训系列——前沿技术专题培训班

备受好评与期待的“生物信息学前沿技术专题培训班”如期而至，华大基因为您打造全面前沿和实用的生物信息学精品课程——《生物信息学前沿技术专题培训班》。

来这里您将目睹基因新技术和新产业的迷人魅力，来这里您将切身体会生物信息学的震撼力量，来这里您将感受业内顶尖专家学者的灵感火花……

课程特点：

     传递华大所掌握的最新前沿信息； 

     系统介绍科研项目如何从大思路着眼进行海量数据挖掘和分析；

     结合华大各大项目实践经验，详细介绍多种数据分析软件的使用方法； 

     华大经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案。  

主办单位：深圳市华大基因学院

举办地点：中国 深圳

培训时间：2016年3月21日-2016年3月25日

时间

课程

时长

收费

第一天

1、基因组学、生物信息学前沿技术动态

3h

 6800元/人   

2、基因组de novo 组装方法与软件

5h

第二天

3、基因组注释和基因注释

3.1 基因组注释的方法

重复序列注释 、基因预测、基因功能注释、非编码RNA基因注释、其它功能原件注释

3.2 上机与实操

（RepeatMasker 、Genescan、Genewise、 InterproScan、tRNAScan-SE、序列综合分析 —— MEGA）

8h

第三天

4、单细胞分析技术（含项目设计）

3h

5、全基因组或目标区域重测序数据分析

SNP分析、群体分析、人工选择

4h

第四天

6、比较基因组

6.1 比较基因组学相关内容和分析方法

同源性与共线性、保守性与变异性、古基因组推断和重建、全基因组复制事件推断、比较功能基因组学

6.2 上机实操

A、全基因组序列比对BLASTZ

B、共线性区块鉴定方法,Mcscan,、i-adhore两部分

4h

7、进化分析

7.1 进化分析相关内容和分析方法

分子钟与蛋白质进化速率、碱基替换模型、基因家族进化研究、系统发育树构建、DNA水平自然选择压力检测、方法与方案分析

7.2 上机实操

A、基因家族聚类OrthoMCL

B、系统分育树构建常用软件

C、分子进化分析PAML

4h

第五天

8、蛋白质鉴定和质量控制

8.1 蛋白质搜库上机
8.2 蛋白质组数据分析

    GO功能分类和富集分析；通路分析；网络构建

8.3 上机实操

    DAVID,Cytoscape+BiNGO,GSEA,CateGOrizer,Cluster+Treeview,

    Mev,Motifx等

8h

【注】：深圳市华大基因学院保留对以上课程信息（包括主题、课程安排和其他细节）进行调整的权利，具体课程信息以实际上课为准。

【讲师团队】

各专题学科带头人、《nature》《science》作者亲自授课。

【培训特色】

培训宗旨——尽华大所能，全力为您打造您所需要的课程，最大可能的满足您的需求

一流的讲师团队——丰富的软件研发经验、重大项目执行经验

理论课与实践课相结合，讲师与学员研讨的方式进行

精心挑选相应的上机软件，为每位学员提供实际操作的机会

课下主讲老师为您所遇到的瓶颈问题提供个性化解答

为保证培训效果及培训质量，每期班的课程人数不超过35人。资源有限，欲报从速。

【收费标准】

注册费：6800元/人，含学费、资料费、上机费、餐费等；

培训期间协助安排住宿，住宿费用自理。 

【优惠政策】 

凡华大基因生物信息学培训班老学员和华大基因长期业务合作伙伴，可享受9.5折优惠。

4+1团体优惠，即同一单位有5人同时报名参加该期培训班，其中1人可享受免费赠送的名额（只限于同一期培训班）。

（以上两项优惠不能同时使用，最终优惠解释权归华大基因所有！）

【课程对象】

从事生命科学、医学、农学等领域科研工作者和高校教师及研究生

具备生物信息学基础的学者

【讲师简介】   

闻博：蛋白课程顾问&首席讲师，闻博老师是华大基因研究院蛋白质组学研究负责人，蛋白质组学研究专家，具有丰富的生物信息分析经验和项目经验。华大基因学院专职讲师，教学经验丰富。

1.Wen, B., Zhou, R., Feng, Q., Wang, Q., Wang, J., & Liu, S. 2014. IQuant: an automated pipeline for quantitativeproteomics based upon isobaric tags.Proteomics.

2.Wen, B., Du, C., Li, G., Ghali, F., Jones, A. R., Kll, L., ... & Wang, J.(2015). IPeak: An open source tool to combine results from multiple MS/MS search engines. Proteomics.

3. Wen, B., Li, G., Wright, J. C., Du, C., Feng, Q., Xu, X., Choudhary, J. S., & Wang, J. 2014. The OMSSAPercolator: an automated tool to validate OMSSA results. Proteomics, 14(9): 1011-1014.

4. Wen, B., Xu, S., Sheynkman, G. M., Feng, Q., Lin, L., Wang, Q., Xu, X., Wang, J., & Liu, S. 2014. sapFinder: an R/Bioconductor package for detection of variant peptides in shotgun proteomics experiments. Bioinformatics.

5. Wang, Q., Wen, B.*, Wang, T., …, Liu, S. 2014. Omics evidence: single nucleotide variants transmissions on chromosome 20 in liver cancer cell lines. J Proteome Res, 13(1): 200-211. (Co-first author)

6. Zhang, S., Wen, B.*, Zhou, B., Yang, L., Cha, C., Xu, S., Qiu, X., Wang, Q., Sun, H., Lou, X., Zi, J., Zhang, Y., Lin, L., & Liu, S. 2013. Quantitative analysis of the human AKR family members in cancer cell lines using the mTRAQ/MRM approach. J Proteome Res, 12(5): 2022-2033. (Co-first author)

侯勇：华大基因研究院肿瘤专项负责人。主要研究方向为单细胞基因组学技术、单细胞RNA-seq技术及其相关的生物信息学分析，癌症基因组研究、变异检测及生物学功能通路的分析与鉴定。获得相关专利3项。华大基因学院特聘顾问及专职讲师，教学经验丰富。   

1. Single-Cell Exome Sequencing and Monoclonal Evolution of a JAK2-Negative Myeloproliferative Neoplasm, Cell (2012), doi:10.1016/j.cell.2012.02.028

2. Single-Cell Exome Sequencing Reveals Single-Nucleotide Mutation Characteristics of a Kidney Tumor, Cell (2012),doi:10.1016/j.cell.2012.02.025

3.Hou et al.: Manufacture of IRDye800CW-coupled Fe3O4 nanoparticles and their applications in cell labeling
and in vivo imaging. Journal of Nanobiotechnology 2010 8:25.

 

程时锋：华大基因研究院动植物组学负责人。主要研究方向为基于NGS测序技术在动植物组学研究中的应用和方案设计，基因组序列分析，重点关注分子进化和比较基因组学。获得专利1项，参与十余个重大国际基因组合作项目。
1. Cheng S, Lim BL (2014) Organelle Transcriptomes in Plants. Transcriptomics 2: e106. doi:10.4172/2329-8936.1000e106
2. Cheng S, et al., The tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell 2013, 25:2813–2830 (2013).
3. Wang Y, et al., The sacred lotus genome provides insights into the evolution of flowering plants. Plant J. 2013 Nov;76(4):557-67. doi: 10.1111/tpj.12313. Epub 2013 Oct 11.
4. Zhang G1, Liu X, Quan Z, Cheng S, Xu X, Pan S, Xie M, Zeng P, Wang J, Zhao Z, Wang J.. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nature Biotechnology 30, 549-554(2012). 
5. Potato Genome Sequencing Consortium, Xu X, Pan S, Cheng S, Zhang B, Mu D, Ni P, Zhang G, Yang S, Li R, Wang J et all. Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature, 475, 189-195 (2011).
    

芦长欣：华大基因科技服务有限公司生物信息分析工程师。曾为期四年从事基因组分析工作及基因组注释流程维护工作。有着丰富的生物信息实战经验，参与了小菜蛾、榕小蜂、绵羊、水稻、谷子、甘蓝等基因组注释等分析研究工作，已在Science，Nature系列杂志及PNAS上发表文章五篇。华大基因学院特聘专职讲师，培训经验丰富，讲解细致认真，责任心强。
1.Minsheng You, … Changxin Lu, … et al. A heterozygous moth genome provides insights into herbivory and detoxification. Nature genetics 45, 220–225,doi:10.1038/ng.2524 (2013).
2.Jin-Hua Xiao, … Chang-Xin Lu, … et al. Obligate mutualism within a host drives the extreme specialization of a fig wasp genome. Genome Biology, 14:R141 doi:10.1186/gb-2013-14-12-r141 (2013).
3.Zhen-Yu Gao, …Chang-Xin Lu, … et al. Dissecting yield-associated loci in super hybrid rice by resequencing recombinant inbred lines and improving parental genome sequences. PNAS,doi: 10.1073/pnas.1306579110 (2013).
4.Yu Jiang, …Changxin Lu, … et al. The sheep genome illuminates biology of the rumen and lipid metabolism. Science,
Vol. 344 no. 6188 pp. 1168-1173. doi: 10.1126/science.1252806 (2014).

5.Shengyi Liu, …Changxin Lu, … et al. The Brassica oleracea genome reveals the asymmetrical evolution of polyploid genomes. Nature Communication.;5:3930. doi:10.1038/ncomms4930 (2014) .

【注意事项】

·请您在开班前将您的详细培训需求反馈给我们，以保证本次培训能更好的满足您的需求。

·请您携带自己的手提电脑，以便能将相关软件拷回使用。

·本次课程限定名额30名，为确保培训资源得到最佳利用，请尽快申请报名参加。

·已经成功付款的学员，如在2016年3月15日前联系主办方撤销席位，可退还100%的注册费用；如在开课前3个工作日内（含3 个工作日）要求撤销席位则退还80%的注册费用。

·撤销席位后，学员可提交延期申请，参加 2016年3月 -2016年12月期间由深圳市华大基因学院举办的各类培训，费用将采取多退少补原则。逾期不参加任何培训课程可申请退款，退款期间产生的所有费用由学员本人承担。

【参观考察信息】

·推荐自行前往的参观考察地点，详情请点击《参观考察信息》。