6月14日，澎湃新闻获悉，科技部举行新闻通气会，就施普林格出版集团旗下期刊《肿瘤生物学》撤回107篇中国医学论文一事首次作出回应，表示正在对撤稿论文逐一彻查，对查实存在问题的论文作者将按照统一尺度、甄别责任、严肃处理，向社会公开，形成“零容忍”的态势，坚决遏制学术不端行为滋生蔓延的势头。
4月20日，《肿瘤生物学》宣布一次性撤回107篇来自中国的医学论文，发表时间为2012年至2016年。撤稿原因是论文涉及伪造虚假同行评审。
为了处理这一学术造假事件，科技部部长万钢在6月5日召集科研诚信建设联席第六次会议，部署处理工作。科技部牵头会同中国科协、教育部、卫生计生委、自然科学基金等部门成立联合工作组，制定了彻查处理工作方案。各部门对论文质量、论文署名情况、撰写发表过程、代写代投第三方机构情况、论文使用情况等开展彻查，基本查清了撤稿论文的情况。
同时，各部门对涉事论文作者承担或正在申请科研项目（基金）、基地建设、人才计划和科技奖励等情况进行了全面排查，对相关科研项目、基金等予以暂停。
针对此次撤稿事件中参与造假的第三方中介结构，各部门联合启动网下清扫工作，打击论文造假的“灰色产业链”。
“有一定证据表明，提供所谓语言编辑服务的第三方机构（注：一些提供论文代投服务的机构）在操纵评审流程上发挥了作用。” 施普林格细胞生物学及生物化学编辑总监彼得·巴特勒（Peter Butler）参与了期刊撤稿前的调查，他曾对澎湃新闻（）如是表示。
科技部表示：此次论文集中撤稿事件虽是个别案例，但影响十分恶劣，严重损害了我国科技界的国际声誉和广大科技人员的尊严，同时也反映出我国学术环境和对学术不端行为的惩戒体系和力度都还需要进一步改进。
科技部政策法规与监督司司长贺德方表示，“撤稿”是学术期刊自我净化、自我纠错的机制。正常的撤稿应当是期刊针对已发表的论文，发现问题的，随时发现，随时撤稿。但对数年来的论文集中、大规模撤稿则是不正常的，一定程度上也是不负责任的。
“长期以来，我国广大科技人员坚守高尚的精神境界和良好的道德操守，潜心研究、勇于探索、淡泊名利、求真务实，取得了举世瞩目的成就，涌现了一大批像黄大年、李保国这样具有爱国之情、报国之志的优秀科学家。绝不能因为个别科研人员违反科研诚信要求、违背科学精神，就否定我们整个科技人员队伍，否定广大科研人员做出的杰出贡献。”贺德方表示。